Muzeum zarządza Dyrektor, którego powołuje i odwołuje Zarząd Województwa Kujawsko-Pomorskiego w trybie przewidzianym ustawą o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej.
Funkcję Dyrektora MAB pełni dr Henryk Pawel Dąbrowski.
Dyrektor organizuje pracę Muzeum oraz odpowiada za całokształt jego działalności.
Dyrektor zarządza Muzeum przy pomocy wicedyrektora, powoływanego i odwoływanego w trybie określonym w obowiązujących przepisach.
Przy Muzeum działa Rada Muzeum, której członków powołuje i odwołuje Zarząd Województwa Kujawsko-Pomorskiego , na zasadach określonych w art.11 ustawy o muzeach.
Rada Muzeum działa w zakresie i zgodnie z zasadami określonymi w art.11 ustawy o muzeach.
Rada składa się z 7 osób.
